税務調査の対象を選定する際の明確な基準はなく、業種や事業規模、取引状況などを総合的に判断して選定されます。不正が行われる割合が高いといわれている業種では対象に選定されやすいでしょう。事業規模も大きい方が選定されやすいです。売上が急拡大しているような会社も対象となりやすいです。また、法人や個人が申告した情報はすべて国税庁のシステムに登録されています。さらに資料せんや支払調書などの情報もそこに登録されます。集まった情報から不正や過少申告の可能性が高いという先として選定されることもあります。
なお、最近は実調率を高めようと、一件あたりの調査に割く時間を減らしてでも、より多くの会社・個人事業主に接触しようという傾向にあるようです。