税務調査で、紛失した資料がある場合は注意が必要です。
システムに記録が残っていてそれをもとに再度作成できるものなどであればよいのですが、記録がないまま資料を再度作成しては架空または偽りの資料を作成することになってしまいます。そのため、新しく資料を作成するのはやめておいたほうがよいでしょう。一つの資料がなくても、その他の資料で補完できる場合もあります。他の資料で補完できないときは、ある取引事実を認定するにあたって税務署が推計することとなります。
例えば、飲食店で売上のレシートが残っていないようなときに、他の判断材料から、おおよそこの程度の売上だろう、という金額を弾き出します。このようなときは税務署が有利になるように（＝納税額が多くなるように）推計される可能性もあります。そのため、いろいろな判断材料を集めて、納税者にとって適正な納税額となるような主張を行うことが必要です。税理士に依頼されるときは、税理士がそのような反論をしてくれることでしょう。