税務調査は、会社や事業所など現場で進められる実地調査が終わったとしてもそれで完了となる訳ではありません。書類が持ち帰られ、税務署内でも検討や内部の審査、決裁が行われます。必要資料に不足があれば追加で提出しなければなりませんし、論点が残っていれば実地調査終了後にも折衝が必要です。税理士がついていれば、税理士が対応します。これらに要する期間は、ケースバイケースですが、概ね１ヶ月から２ヶ月程度となるでしょう。
税務調査で特に問題がなければ「是認通知」が送られてきます。問題があれば通知が送られるケースや、口頭で勧奨を受けて修正申告をするケースがあります。